Для обеспечения переработки органических отходов (аммиака, аммония, нитрита), в емкость помещается биологическая загрузка. На дно устанавливаются распылители, дополнительно устанавливается аэрация, создавая «кипящий слой».
Разница по сравнению с другими видами загрузки в том, что плавающая загрузка все время движется в толще воды. Это движение происходит благодаря интенсивной аэрации. Это заставляет толстый старый слой биопленки постоянно обновляться. Известно, что только самый тонкий слой биопленки является самым «агрессивным» потребителем аммиака и нитрита. Бактерии, которые живут на внешних сторонах загрузки, более активно потребляют аммиак и превращают его в нитрит. А те бактерии, которые находятся в закрытых зонах, являются потребителями нитритов.